革命形勢(shì)的迅速到來，要求革命政黨加強(qiáng)統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)，以適應(yīng)千變?nèi)f化的復(fù)雜局面。同盟會(huì)卻恰恰相反，在革命緊要關(guān)頭反而更加渙散了。
1911年武昌起義后不久，同盟會(huì)本部發(fā)表宣言，雖然指出了“元兇尚在，中夏未清”,應(yīng)“長驅(qū)河朔”,以“建立民國”,但卻表白革命黨人將于“功成事遂”之后引退，“散處朝市或悠悠林野”^[1]。同年12月，同盟會(huì)本部在上海召開臨時(shí)會(huì)議，旅滬各省份會(huì)部分負(fù)責(zé)人也參加。這次會(huì)議改訂了同盟會(huì)暫行章程，并再次發(fā)表宣言。宣言雖然指出了在同盟會(huì)內(nèi)部“意見不相統(tǒng)屬，議論歧為萬途”,并強(qiáng)調(diào)了“當(dāng)臨時(shí)政府組織之際，其禍乃大著”,號(hào)召革命黨人“必先自結(jié)合，以成堅(jiān)固不破之群”^[2]。但是，事實(shí)上并沒有能阻止“議論歧為萬途”的現(xiàn)象繼續(xù)發(fā)展，相反，卻更加嚴(yán)重了。
武昌起義后，同盟會(huì)與光復(fù)會(huì)的矛盾日益激化。同盟會(huì)的陳其美和光復(fù)會(huì)的李燮和同在上海策動(dòng)起義。上海光復(fù)后，陳自稱都督，李初擬率部攻陳，后據(jù)吳淞，自稱吳淞都督。1912年1月3日，南京臨時(shí)政府剛成立，章炳麟即正式脫離同盟會(huì)，而與立憲派、舊官僚聯(lián)合，在上海組織中華民國聯(lián)合會(huì)。章自任會(huì)長，以程德全為副會(huì)長，接著又推張謇為“特務(wù)干事”^[3]。章在聯(lián)合會(huì)第一次大會(huì)講演說：“中國本因舊之國，非新辟之國，其良法美俗，應(yīng)保存者，則存留之，不能事事更張也?！?sup>[4]1月4日，他創(chuàng)辦《大共和日?qǐng)?bào)》,在發(fā)刊辭中公然說：“專制非無良規(guī)，共和非無秕政。”^[5]其攻擊的矛頭顯然指向剛剛誕生的南京臨時(shí)政府。南京臨時(shí)政府公布自1912年起改用陽歷，章炳麟?yún)s在《大共和日?qǐng)?bào)》第2號(hào)上以“本社社長”的名義，發(fā)表《宣言》說：“今日南北未一，觀聽互殊，豈容遽改正朔。況此次參事會(huì)，大半即各省都督府代表之變名，既非國民公選，何有決議改歷之權(quán)。故在議員未選，歷書未頒，對(duì)于此等少數(shù)空言，斷難遵行，愿全國人民審思之，愿各代表反省之?！?br>浙江獨(dú)立后，光復(fù)會(huì)領(lǐng)袖陶成章自南洋返國，擔(dān)任浙江都督府總參議。他公開在上海設(shè)立光復(fù)義勇軍練兵籌餉滬局，招兵買馬。滬軍都督陳其美不能容許禁臠之內(nèi)出現(xiàn)一支異己的軍隊(duì)。于是，就指使蔣介石于1月14日暗殺陶成章于上海法租界廣慈醫(yī)院。陶成章被刺是民國成立后第一件轟動(dòng)一時(shí)的政治暗殺事件。陳其美用這種卑劣的手段來解決政爭，不僅無補(bǔ)于同盟會(huì)和光復(fù)會(huì)的分歧，反而給向往革命的人們的心中投下了陰影，由此，光復(fù)會(huì)和同盟會(huì)的矛盾更形擴(kuò)大。章炳麟斷然拒絕擔(dān)任南京臨時(shí)政府樞密顧問。
3月，章炳麟又將中華民國聯(lián)合會(huì)改名為統(tǒng)一黨，他在改黨大會(huì)的演說辭中說：“本黨宗旨，不取急躁，不重保守，惟以穩(wěn)健為第一要義?！?sup>[6]接著，統(tǒng)一黨又發(fā)表《宣言書》,聲稱：“本黨本集革命、憲政、中立諸黨而成，無故無新，惟善是與。只求主義不涉危險(xiǎn)，立論不近偏枯，行事不趨狂暴，在官不聞貪佞者，皆愿相互提攜?！?br>總之，章炳麟在辛亥革命后已經(jīng)明顯右傾，不論聯(lián)合會(huì)或統(tǒng)一黨，都不過是一種官僚、政客、立憲派的大雜燴。因此，它對(duì)南京臨時(shí)政府的許多改革措施，無不加以反對(duì)。例如，孫中山主張建都南京以牽制袁世凱，章極力反對(duì)，公然為袁張目說：“遜位以后，組織新政府者，當(dāng)為袁氏，若迫令南來，則北方失所觀望?！?sup>[7]3月下旬，在南京的四川籍革命黨人召開四川革命烈士追悼會(huì)，孫中山親往參加，而章炳麟?yún)s送來了這樣一副對(duì)聯(lián)：“群盜鼠竊狗偷，死者不瞑目；此地龍?bào)椿⒕?，古人之虛言?！睂?duì)于章的這種態(tài)度，四川革命黨人吳玉章在后來曾加以評(píng)論說：“他罵南京鼠竊狗偷，但當(dāng)時(shí)鼠竊狗偷的大半還是立憲黨人，而章太炎不正是和他們沆瀣一氣嗎？他反對(duì)建都南京，認(rèn)為南京并非龍?bào)椿⒕幔y道北京果真就是龍?bào)椿⒕岬牡胤絾?？很明顯，章太炎為了反對(duì)孫中山先生，已經(jīng)實(shí)際上站到袁世凱那方面去了。”^[8]
對(duì)于同盟會(huì)員與光復(fù)會(huì)員之間的爭端，孫中山主張盡力調(diào)解。如，廣東汕頭民軍司令、光復(fù)會(huì)員許雪湫、陳蕓生“與同盟會(huì)員之領(lǐng)軍不合，勢(shì)成水火”。孫中山致電陳炯明，要他“解釋調(diào)處”,并強(qiáng)調(diào)指出：“同盟、光復(fù)二會(huì)，在昔同為革命之團(tuán)體”;“兩會(huì)欣戴宗國，同仇建虜，非只良友，有如弟昆”?！敖衿澝駠铝?，建虜未平，正宜協(xié)力同心，以達(dá)共和之目的，豈有猜貳，而生鬩墻”^[9]。但是，實(shí)際上并沒有解決什么問題，雙方仍然紛爭不已。
與此同時(shí)，湖北革命黨人孫武等由于未能取得南京臨時(shí)政府中的部長席位，也憤然脫離了同盟會(huì)，而聯(lián)合湖北的立憲派另組“民社”,擁戴黎元洪為領(lǐng)袖。因此，同盟會(huì)的力量被進(jìn)一步削弱。
黃興是同盟會(huì)的軍事領(lǐng)袖。他雖然在1907年因旗幟設(shè)計(jì)問題和孫中山發(fā)生過嚴(yán)重的爭執(zhí)，但在南京臨時(shí)政府期間，他和孫中山配合得不錯(cuò)，在許多重大問題上，他都支持了孫中山。但是，這樣一個(gè)重要領(lǐng)導(dǎo)人，在民國建立之初卻有了功成隱退的思想。他在一個(gè)致袁世凱的電文中說：“吾輩十余年兢兢業(yè)業(yè)以求者，真正之和平，圓滿之幸福。今目的已達(dá)，掉臂林泉，所得多矣?！?sup>[10]
在黃興看來，只要把滿人統(tǒng)治換成漢人統(tǒng)治，革命就算達(dá)到目的，就可以“大風(fēng)歌罷不如歸”了^[11]。這樣，當(dāng)然就失去了對(duì)袁世凱的戒備。在孫中山主持南京臨時(shí)政府期間，他仍是力主和袁世凱妥協(xié)。
綜上所述，同盟會(huì)在辛亥革命后已處于思想混亂、四分五裂的狀態(tài)，這樣的政黨當(dāng)然不能領(lǐng)導(dǎo)南京臨時(shí)政府走向勝利。孫中山在后來解釋這一段歷史時(shí)，曾沉痛地說：“局外人不察，多怪弟退讓。然弟不退讓，則求今日假共和，猶未可得也。蓋當(dāng)時(shí)黨人，已大有爭權(quán)奪利之思想，其勢(shì)將不可壓。弟恐生出自相殘殺戰(zhàn)爭，是以退讓，以期風(fēng)化當(dāng)時(shí)，而聽國民之自然進(jìn)化也?！?sup>[12]